研究人员提取并研究了陶器内表面的残留物、陶胎中的微体化石以及陶器残片所在文化层中的微体化石。研究发现，陶器残留物中含有大量驯化稻的植硅体，还发现了稻米、薏苡、稗草、小麦族、橡子、百合等植物的淀粉粒，不少淀粉粒表明发酵过程的存在。此外，陶器上还有大量真菌微化石，其中有红曲霉和酵母菌。红曲霉至今仍被用于酿造传统红曲酒。面部很平，只有一只竖眼，开合间像是一道金色的闪电划过，犀利慑人。

研究人员通过实验对比发现，这些真菌只可能在发酵时形成，而非土壤中天然存在并混进远古陶器中。他们还发现，陶器类型与特定功能密切相关，其中小口罐可能专门用于酿造发酵酒。

上山遗址发现者、浙江省文物考古研究所研究员蒋乐平说，这证明在稻米驯化早期阶段，上山先民已会利用陶器特别是小口罐来酿造以红曲霉为主要糖化剂的稻米曲酒。

中科院地质与地球物理研究所博士生导师张健平研究员分析说，上山先民驯化了水稻，这为酿造发酵酒提供了稳定的原料，而全新世早期温暖湿润的气候为真菌生长提供了理想的环境条件。人族不同地域间很难通信往来，因为实在太危险了，地上强横物种诸多，可怕而神秘，纵然是几十万人的部落或者宏伟的巨城，也可能在夜间被几头太古遗种毁掉。山脉太危险，离开柳木守护的村子，外面将是个完全不同的世界，那里充满了恐怖的猛禽与巨兽。

斯坦福大学东亚语言与文化系教授刘莉说，稻米酒等酒精饮品可能在仪式性宴飨活动中扮演了重要角色，这一特殊功能或许也是推动新石器时代中国水稻广泛种植、利用和传播的重要因素之一。