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在731部队本部旧址中心走廊一楼，3000块长方形黑色石碑整齐陈列于墙体两侧，形成一条庄严肃穆的长廊。往来工作人员、参观者、志愿者纷纷献上菊花、沉思缅怀。

该馆研究人员金士成说，殉难者名单最初设立于2009年，后因改陈调整，该名单被撤展并收藏。近年来，该馆与黑龙江外国语学院合作，对731部队“特别移送”原始档案、日本宪兵审判材料及“跨国取证”原队员口述等进行研究与梳理，已确定“殉难者名单”人数为2805名。其中，731部队人体实验受害者1549人，涵盖有名有姓、有名无姓、有姓无名、事件关联者四种情况。