研究人员提取并研究了陶器内表面的残留物、陶胎中的微体化石以及陶器残片所在文化层中的微体化石。研究发现，陶器残留物中含有大量驯化稻的植硅体，还发现了稻米、薏苡、稗草、小麦族、橡子、百合等植物的淀粉粒，不少淀粉粒表明发酵过程的存在。此外，陶器上还有大量真菌微化石，其中有红曲霉和酵母菌。红曲霉至今仍被用于酿造传统红曲酒。

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上山遗址发现者、浙江省文物考古研究所研究员蒋乐平说，这证明在稻米驯化早期阶段，上山先民已会利用陶器特别是小口罐来酿造以红曲霉为主要糖化剂的稻米曲酒。院内的灶台前，陶罐内白色汁液沸腾，奶香扑鼻，他正在熬煮兽奶，此外不时将一些药草等投放进去，以木勺慢慢搅动。

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斯坦福大学东亚语言与文化系教授刘莉说，稻米酒等酒精饮品可能在仪式性宴飨活动中扮演了重要角色，这一特殊功能或许也是推动新石器时代中国水稻广泛种植、利用和传播的重要因素之一。